دانشکده دارای 7 بخش آموزشی یا دپارتمان علمی است که هرکدام متناسب به رشته تخصصی خود به آموزش دانشجویان دوره عمومی و تخصصی، راهبری پروژه های عملی - پژوهشی دانشکده و سرپرستی آزمایشگاههای مربوطه میپردازند.

این  گروه ها شامل:

1- داروسازی بالینی

2- سم شناسی و داروشناسی

3- شیمی دارویی و داروسازی هسته ای

4- فارماسیوتیکس و نانوفناوری دارویی

5- اقتصاد و مدیریت دارویی

6-فارماکوگنوزی

7- بیوتکنولوژی دارویی