دانشکده داروسازی شهید بهشتی نسبت به دانشکده های دیگر داروسازی کشور همچون تهران، مشهد، تبریز و اصفهان، دانشکده ای جوان به شمار می آید. این دانشکده در سال 1366 با همت مسئولین دانشگاه و اعضای هیات علمی جوان خود، با کمترین امکانات آموزشی، در دو سوله بزرگ در محوطه اصلی دانشگاه، فعالیت خود را با پذیرش 129 دانشجو آغاز نمود. پس از گذشت یک سال پرمشقت، به ساختمانی در خیابان توانیر منتقل شد و از سال 1375 دانشکده دارای دو ساختمان مجزا گردید. ساختمان شماره یک در خیابان ولی عصر، روبه روی خیابان توانیر، کوچه شمس واقع بود که بخش اداری، کتابخانه، نمازخانه و سلف سرویس در آن قرار داشتند. ساختمان شماره دو در خیابان توانیر قرار داشت و کلاس ها و آزمایشگاه ها در آن مستقر بودند.

دانشکده پس از جذب هیات علمی به صورت مربی، اقدام به تعیین ساختار نمود و گروه های آموزشی مورد نیاز خود را به مرور در طول سه سال تاسیس و راه اندازی کرد. سپس با خریدهای ارزی و ریالی تجهیزات متعدد آزمایشگاهی، به راه اندازی آزمایشگاه ها اهتمام نمود.

در سال 1369 برای تامین فضای فیزیکی و تسهیلات ساختمانی مورد نیاز یک دانشکده مدرن، پروژه ساخت دانشکده ای در خیابان ولی عصر، تقاطع نیایش وارد فاز مطالعاتی و سپس اجرا شد،

اکنون پس از گذشت 36 سال دانشکده داروسازی در یکی از مدرن‏ترین و پیشرفته‏ ترین ساختمان‏ها در مساحتی حدود 20/000 متر مربع با امکانات بسیار مجهز مستقر گردیده است. دانشکده داروسازی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی اکنون بزرگترین دانشکده داروسازی کشور می‏باشد.

دانشکده به همت ریاست نخستین آن، آقای دکتر سید غلامرضا فنایی و همکارانشان راه اندازی شد. سپس آقایان دکتر نایب پور، دکتر روشن ضمیر و دکتر مصدق به عنوان روسای دانشکده این مسیر را ادامه دادند و از سال1384، آقای دکتر وحیدی سکان دار و رییس دانشکده می باشند.

پذیرش دانشجو در اولین سال تاسیس دانشکده 129 نفر بوده است، پس از آن به تدریج در راستای برنامه کلان پذیرش دانشجو در دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی، این تعداد به مرور زمان کاسته شد تا در سال 1384 به عدد 45 رسید. سال 1385 با توجه به نیاز شدید جامعه به دکتر داروساز در راستای تامین نیروهای مورد نیاز نظام سلامت، ظرفیت پذیرش دانشکده های داروسازی افزایش یافت و بدین دلیل پذیرش دانشجوی  این دانشکده به 70 نفر افزایش یافت.