مسئول: دکتر الهام محیط
یکی از بخشهای مهم معاونت آموزشی دانشکده، اداره تحصیلات تکمیلی است که کلیه امور آموزشی و پژوهشی مربوط به دانشجویان تخصصی و Ph.D.در آن انجام می گیرد.
این امور شامل ثبت نام، برنامه ریزی کلاس ها، صدور نامه ها و گواهی ها، برگزاری امتحان جامع(بورد)، تشکیل جلسات بررسی و تصویب پروپوزال دستیاران، تشکیل جلسات سمینارهای دستیاری و گزارش پیشرفت ها، و تشکیل جلسات دفاع و پیش دفاع می باشد.
لازم به ذکر است که دانشکده در رشته های تخصصی فارماکوگنوزی، بیوتکنولوژی دارویی، سم شناسی، فارماسیوتیکس، نانوتکنولوژی دارویی، اقتصاد و مدیریت دارو، شیمی دارویی و داروسازی بالینی در حال حاضر، هر ساله پذیرش دستیار دارد.