دانشکده دارای 6 بخش آموزشی یا دپارتمان علمی است که هرکدام متناسب به رشته تخصصی خود به آموزش دانشجویان دوره عمومی و تخصصی، راهبری پروژه های عملی - پژوهشی دانشکده و سرپرستی آزمایشگاههای مربوطه میپردازند.
این 6 گروه شامل:
1- داروسازی بالینی
2- سم شناسی-داروشناسی
3- شیمی دارویی
4- فارماسیوتیکس
5- اقتصاد و مدیریت دارو
6-فارماکوگنوزی و بیوتکنولوژی داروئی میباشند.