دانشکده دارای 6 بخش آموزشی یا دپارتمان علمی است که هرکدام متناسب به رشته تخصصی خود به آموزش دانشجویان دوره عمومی و تخصصی، راهبری پروژه های عملی - پژوهشی دانشکده و سرپرستی آزمایشگاههای مربوطه میپردازند.

این 6 گروه شامل:

1- داروسازی بالینی

2- سم شناسی-داروشناسی

3- شیمی دارویی

4- فارماسیوتیکس

5- اقتصاد و مدیریت دارو

6-فارماکوگنوزی و بیوتکنولوژی داروئی میباشند.